о способности коронавируса к мутации, о чем уже немало ходит разговоров по поводу того, что в разных регионах мира наблюдаются действия мутировавших "подвидов" коронавируса.
prof-afv.livejournal.com 10.04.2020 11:56
Заголовок этого поста звучит парадоксально. На самом деле никакого парадокса нет. Расшифровывается он очень просто. Нуклеотидные последовательности в геномах SARS-CoV-2 (уже сиквенировано около 3500 изолятов) чрезвычайно сходны (сходство – 99.8%). В этом и есть однообразие. Но две десятых процента различий позволяют отнести известные изоляты вируса к одной из нескольких групп. Эти группы называют по разному – типы, подтипы, кластеры, клейды, генотипы, линии (lineage). Договориться о единообразной номенклатуре и правилах присвоения названий этим группам ещё предстоит. Но суть от этого не меняется – внутри генетического однообразия SARS-CoV-2 имеется достаточно четко структурированное разнообразие, причем развивающееся во времени (эволюционирующее). Заголовок отображает это «двуединство», хотя, признаюсь, поставил я его не без задней мысли – привлечь побольше читателей.
Высокая степень сходства геномов SARS-CoV-2, с прагматической точки зрения, очень хороший знак. Если оно сохранится, это значительно облегчит лабораторную диагностику этой инфекции, разработку и использование вакцины. Такое высокое сходство вряд ли случайно. По видимому, на мутационную изменчивость SARS-CoV-2 наложено много ограничений. Иными словами жизнеспособными являются относительно небольшое количество мутантов этого вируса. Теоретически, мутация (замена нуклеотидов, их выпадение или вставка) могут произойти в любой из позиций геномной последовательности (говоря профессиональным языком – «сиквенса»), а в референс-геноме SARS-CoV-2 29903 нуклеотида. Но результатом большинства мутаций являются нежизнеспособные варианты (в эволюционном смысле). Не исключено, что некоторые из таких «нежизнеспособных» мутантов могут реплицироваться и передаваться, но мене эффективно, чем основные варианты вируса, вследствие чего они быстро «вымирают».
То что, внутри однообразия геномов SARS-CoV-2 уже достаточно четко обозначились «подгруппы» (каким бы не было их название), тоже очень важно. Этот процесс не статичный. Вирус постоянно эволюционирует. Различия между подгруппами и «распределение» индивидуальных изолятов SARS-CoV-2 в ту или иную подгруппу возможно только с помощью очень сложных, «изощренных» математических методов филогенетичского анализа (см. здесь:[1] и [2]).
Пока нет никаких данных о том, что эти генетические отличия транслируются в биологические – степень контагиозности (заразности), вирулентности (болезнетворности) и другие. Но будет ли так и дальше? Это большой вопрос. Ведь в человеческой популяции SARS-CoV-2 циркулирует совсем не долго (скорее всего с октября-ноября 2019).
У меня нет сомнений, что приблизительно в этом интервале с октября-ноября 2019 произошёл межвидовой перенос.
Что касается заноса вируса в РФ. Декабрь 1919 практически исключается. В конце января 2020 единичные заносы может быть и были. По серьёзному, думаю, "импорт" пошел со второй половины февраля.
Приведет ли эволюция этого вируса к формированию биологически различимых подтипов? Если это произойдёт, то в тест-систему для диагностики и в вакцину нужно будет вводить разные антигенные варианты вируса. На мой взгляд, в краткосрочной и среднесрочной перспективе это не актуально. А в долгосрочной? Кто знает, насколько долго, нам нужно будет «уживаться» с SARS-CoV-2?
Процитированные мною работы (одна уже опубликована, другая пока только выложена на форуме молекулярных вирусологов) малопонятны неспециалистам. Но если изучать эти статьи по «принципу матрешки», т.е. начинать с поверхностного слоя и не пытаться добраться до последней матрёшки, то кое-что понятно и неспециалисту. Для примера, ясно, что среди SARS-CoV-2 в начале эпидемии появились две линии – А и В. Более «древней» (наиболее сходной с ближайшим «родственником» среди коронавирусов летучих мышей) является линия А. Но в ходе развития эпидемии существенно большее распространение получила линия В. В течение эпидемии обе линии стали разветвляться. Наиболее полный, на сегодняшний день, анализ (проанализировано 2685 полных геномов) позволяет выделить 5 дочерних подлиний в линии А и 9 дочерних подлиний в линии B. Ветвление подлиний продолжается. Нужно отметить, что такого рода филогенетический анализ это фактически наблюдение за эволюцией вируса в «режиме реального времени». Такого в истории вирусологии ещё не было (не считая модельные опыты с бактериофагами). Как я пытался объяснить выше, значение подобных исследований далеко не только академическое. Они уже создали «инструментарий» для генетической классификации индивидуальных изолятов SARS-CoV-2. Самое время приступить к сравнительной биологической характеристике вирусов, попадающих в разные генетические линии. Чем исследователи, работающие в этой области, по всей вероятности, уже занялись. Будем следить за результатами.
Ссылки
[1] – | A dynamic nomenclature for SARS-CoV-2 to assist genomic epidemiology - Novel 2019 coronavirus - Virological
06.04.2020, 20:02
virological.org/t/a-dynamic-nomenclature-for-sars-cov-2-to-assist-genomic-epidemiology/458
В настоящее время существует более 3500 общедоступных полных или почти полных последовательностей генома SARS-CoV-2, возбудителя COVID-19, и их число растет ежедневно. Эти данные потенциально могут дать бесценную информацию о текущей эволюции и эпидемиологии вируса во время глобальной пандемии и, вероятно, сыграют важную роль в его окончательном смягчении и борьбе с ним. Несмотря на такое обилие данных, в настоящее время не существует согласованной системы наименования и обсуждения растущего числа филогенетических линий, составляющих популяционное разнообразие этого вируса, с противоречивыми специальными и неформальными системами вирусной номенклатуры в обращении. Прежде чем научная литература еще больше запутается, необходимо срочно создать номенклатурную систему.
/.../
|
[2] – | pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2004999117
Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, and View ORCID ProfileMichael Forster
PNAS first published April 8, 2020
Это филогенетическая сеть геномов SARS-CoV-2, отобранных со всего мира. Эти геномы тесно связаны и при эволюционном отборе в их человеческих телах, иногда с параллельными эволюционными событиями, то есть одна и та же вирусная мутация возникает в двух разных человеческих телах. Это делает основанные на характере филогенетические сети методом выбора для реконструкции их эволюционных путей и их предкового генома в человеческом теле. Сетевой метод был использован примерно в 10.000 филогенетических исследованиях различных организмов и в основном известен для реконструкции доисторических популяционных перемещений человека и для экологических исследований, но менее широко используется в области вирусологии.
/.../
|
Комментарии на prof-afv.livejournal.com/8846.html
bigdrum
Большинство мутантов вируса нежизнеспособно. Предположим, у нас будет средство, которое, находясь в организме, при каждой репликации вируса будет порождать произвольную мутацию. В таком случае жизнеспособными будут лишь мизерное количество копий, и значит – процесс болезни будет сильно замедлен.
Вещество, являющееся мутагеном для вируса, и безвредное для организма, приводит к вырождению вируса в одном отдельном кейсе. При этом возможна как полная смерть вируса, так и существование в организме крайне ограниченной популяции "счастливчиков", что однако, крайне маловероятно – учитывая, с какой скоростью мутирует вирус и без мутагена...
Комментарии на colonelcassad.livejournal.com/5783790.html в "Коронавирус. Разнообразие в однообразии"
oldowan
Вот ещё факт, кто забыл.
23 января 2020 года, в самом начале корона-психоза, внезапно от сердечного приступа в возрасте 51 лет умер исполнительный директор по чрезвычайным ситуациям Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), врач-эпидемиолог Питер Салама.
Вот так бывает. Главный по эпидемиям в мире, вдруг умирает в самый важный момент своей карьеры.
51 год, по современным меркам ещё совсем молод.
Всё бы ничего – да помер он как раз после того, как ВОЗ решило не объявлять пандемию и режим катастрофы.
Потому что он мешал объявить.
"Костя, как и все, знал, что в любой момент смертельный вирус мог уничтожить легкие даже самого здорового человека. Об этом ежедневного напоминали по телевизору по главному федеральному каналу Московия-1. Выходить на улицу без респиратора строго запрещалось."
"По телевизору тем временем рассказывали о тех несчастных, кто был зафиксирован камерами на улице без респиратора.
Бдительные службы контроля успели вовремя зафиксировать нарушителей и отправить на лечения. С лечения не возвращались. Ведь, как всем известно, вылечиться невозможно. Так говорили власти директората. И не было оснований им не верить...".
Владимир Воронцов, художественная проза, ПЕН-клуб «На осколках Империи»
Беспорядки в Бельгии: жители недовольны ограничениями из-за COVID-19
Многие жители коммуны Андерлехт вышли на улицы, чтобы протестовать против гибели молодого человека в ходе преследования полицейского патруля.
Портал газеты La Libre Belgique пишет "о насильственных инцидентах" в Андерлехте.
Развернуты значительные силы полиции. На место прибыл водомет для разгона толпы и отряжен полицейский вертолет для наблюдения за ситуацией.
Местная молодежь вступила в прямые столкновения с полицейскими, забрасывает их камнями. Побиты многие припаркованные на улицах автомобили, разрушено городское оформление.
Actuellement à anderlecht Bruxelles émeutes / April 11, 2020
Брюссельская полиция объявила, что к вечеру субботы ситуация с беспорядками в разных местах коммуны Андерлехт взята под контроль, сообщили бельгийские СМИ.
Были задержаны 25 человек. В настоящее время решается, будут ли это судебные аресты или административные задержания. В ходе усмирения беспорядков один человек получил ранения.
Вечером 10 апреля два молодых человека разъезжали на скутерах в центре коммуны в нарушение режима ограничения передвижений в условиях эпидемии коронавируса и привлекли внимание полицейского патруля, решившего проверить их документы.
Один из них попытался скрыться. Патруль стал его преследовать. Одна из патрульных машин направилась ему навстречу. Водитель скутера, обгоняя грузовик, за которым он ехал, врезался в переднее левое крыло полицейского автомобиля и погиб на месте.
well p
Нашел одну статью по пневмонии:
Как видите в 2003 году смертность от пневмонии составила 44.438 человек. Коронавирус явно даже близко не подошел к таким цифрам. При этом больны пневмонией ежегодно где то 1,5 миллиона человек. Сейчас процент выявленных инфицированных коронавирусом на общее количество тестов составляет на сегодняшний день где то 1,14 процента... Т.е для того, что бы у нас было 1,5 миллиона инфицированных коронавирусом нам нужно протестировать, как минимум, ВСЕ население страны, включая грудных детей. Но даже и тогда общая смертность в 106 человек на сегодняшний день и близко не приблизится к цифрам смертности от пневмонии.
Но это начало нулевых а вот уже в 2017 году цифры, по данным Минздрава РФ, явно улучшились:
В структуре смертности от болезней органов дыхания в РФ в 2017г. на долю пневмоний приходилось 42%; смертность в 2017 г. составила 17,3 на 100тыс. населения. Это где то около 25 тыс человек. Если предположить, что в США процент примерно такой же, то там смертность от пневмонии будет составлять где то 56тыс человек в год и это минимум. Плюс от 13 до 50тыс человек, умирающих ежегодно от обычного гриппа и все это без всяких карантинов.
Готовьтесь, скоро многие из вас потеряют работу или как минимум очень большую часть своих доходов. А потому, что за трусость и глупость надо платить, причем в двойном размере.
anbass
Итак, эпидемия в Москве длится уже месяц
За это время в Москве зафиксировано 8 852 случаев заражения коронавирусом – то есть именно инфицированных, только от 20 до 50% из которых "и заболевшие", из которых бОльшая часть – в легкой форме, для которых больница без надобности, достаточно той самой "самоизоляции" у себя дома.
Численность населения Москвы в 2020 году примерно 12 миллионов 700 тысяч человек
Итого за месяц "эпидемии" в Москве выявлено... 0,06% населения, только инфицированного коронавирусом.
Из которых "и заболевших", включая тех, которые в легкой форме, максимум 0,03%, а тех, кому необходимо лечь в больницу... да можно предположить, что от силы в районе 0,01% от численности населения Москвы (и это – если считать только моквичей, без живущих в Москве "гостей столицы").
Но больницы от этого работают "в авральном режиме".
zilbershnur
Больницы существуют с небольшим запаса мест от стандартной ситуации, в нормальное время никто не будет оплачивать пустующие места, количество врачей как было так и осталось, новых не появилось. Инфекционных отделений мало, поскольку в "мирное" время это очень маленькая часть от общей заболеваемости. В Москве эпидемия сезонного гриппа, и раньше кто болел, просто не обращались к врачам, теперь все бегут вприпрыжку. Даже без гриппа, чуть кольнуло в пятке, скорее к врачу, вдруг это симптом коронавируса.
Количество обращений выросло в разы. Плюс все остальные болезни – заболевания, которые никто не отменял. И сверху всего этого, больные коронавирусом, плюс те, кто под подозрением на карантине, те кто общался с заболевшими. Плюс профилактика. Соответственно, нагрузка выросла в разы.
В России летальность 0,78%, в Англии 12.50%, в Италии 12.79%, во Франции 10.67%. Медицина, пока в России неплохо справляется, но если упустить момент, количество заболевших превзойдет возможности медицины, и тогда будет европейский сценарий. В США пока тоже справляются более менее, летальность 3.85%, но за последние три дня резко пошла в рост.
anbass
Источник: www.newsru.com
Итак: 5% заболевших за 4 недели гриппом москвичей – это "незначительное количество переболевших для такого города, как Москва".
А вот 0,06% только инфицированных, из которых только максимум половина "и заболевшие" – это "больницы работают в авральном режиме".
kleinzack3
Информация по немецким СМИ прошла по поводу массовых смертей в немецких и французских домах престарелых.
После массового заражения в течение короткого времени у значительного количества стариков(были случаи от 10 до 30) наступает остановка дыхания. Причиной этого является то, что помимо обычных симптомов, таких как кашель и высокая температура, вирус поражает нервную систему и мозг.
Были и раньше спекуляцию на эту тему, но теперь это считается доказанным.
an wenk
С москвичами давно пора было что-то делать. Вот, один автор с mobile-review (москвич), приехал из Испании и вместо того, чтобы сидеть прижав хвост, решил что самое время слетать на Шри-Ланку. Ни в какую Шри-Ланку его конечно не пустили, но он не расстроился и решил что поедет на Эльбрус. У него там под статьёй сотня комментариев, и только всего пару человек ласкового поинтересовались — а не печенег ли ты часом?
Сергей Деточкин
Как защититься?
Вы серьезно о самоизоляции? Не, ну может быть в Москве, где вся семья сидит дома, есть на что. А в регионах, как быть? У меня невестка и дочка работают в магазинах, невестка каждый день – менагер – все на ней, дочка кассир, два через два! народу целый день не протолкнуться, мало своих местных, еще дачники и туристы! Ну приехали люди, куда их теперь? А в основном москвичи и питерские! Зять сидит дома с ребенком, сын когда дома, когда вызывают на работу, удаленно работать не имеет права – оборонка!
Какой карантин, как уберечься? Детей везут к нам, когда зашиваются с работой! Как уберечь нас, стариков? Да мы и не бережемся, все для детей и внуков! А в Москве, да хоть заварите двери, я не призываю вас болтаться по улицам!
Сергей Деточкин
Вот что страшно! (11 апреля 2020)
"Число дел о банкротствах, разводах и трудовых спорах вырастет после того, как закончится режим самоизоляции. Такое мнение высказал полномочный представитель правительства РФ в Конституционном и Верховном судах России Михаил Барщевский, выступая на Петербургском международном юридическом форуме "9 1/2: Законы коронавируса".
"Несколько областей я вам назову, где будет наибольшее количество дел, начиная с середины лета. Во-первых, это разводы, Китай показал, что этот прогноз сбудется на 100%. Вторая вещь — это банкротства — и личные, и корпоративные. Третья — трудовые споры, которые возникнут (компенсации, выплаты, незаконные увольнения)", — сказал он.
Также, по мнению Барщевского, увеличится число дел по уголовным статьям, связанным с мошенничеством и злоупотреблением положением.
"К сожалению, вирус устроен так, что когда в экономику вливаются триллионы рублей, понятно совершенно [они будут] "прилипать" к рукам нечистоплотным. Думаю, что много будет работы по этим направлениям", — добавил он." А вы вирус, карантин, самоизоляция! А тут вот оно как...
|